苗木免税发票是可以抵扣的。取得农产品销售发票的，以农产品销售发票上注明的农产品买价和10%的扣除率计算进项税额。开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和10%的扣除率计算进项税额。